"Ghost in the Shell 2 : innocence" bắt đầu vào năm 2032, khi mà ranh giới giữa con người và máy móc hay nói cách khác là những cyborg đã gần như biến mất. Thực tế, con người đã quên đi rằng điều đó có nghĩa là con người đã dần mất đi sự tự nhiên vốn có. Cho nên, thế giới hiện nay ngoài con người,thế giới còn có những cyborg (não người nhưng thân thể là máy) và những con robot (hoàn toàn là máy)
Batou, một cyborg nhân tạo. Thứ duy nhất người trong anh là một bộ não người và một kí ức về một người phụ nữ mà anh gọi là chỉ huy (Major).
Một lực lượng đặc nhiệm bảo vệ chính phủ chống lại bọn khủng bố, Public Security Section 9 mà Batou đang là một thành viên trong lực lượng này. Batou đang điều tra về một cyborg nữ vô cùng hoàn hảo được tạo ra với nhiệm vụ đi ám sát những nhân vật quan trọng với vai trò là "bồ nhí" của các ông (dzậy chit là phải ^_^)
Batou dần dần chìm sâu vào vụ án, những câu hỏi phát sinh khi con người muốn trở thành bất tử bằng cách trở thành cyborg. Cùng nhau, Batou và người đồng nghiệp đã tiến hành truy bắt bọn Yakuza, hacker, những quan chức tham ô trong chính phủ, và hợp tác để khám phá ra sự thật cay đắng đằng sau những tội ác.